鄱阳湖起始
鄱阳湖地区在上更新世也因普遍陆升而呈现一片河网交错的平原地貌景观。在沉积物上仅形成下蜀黄土沉积与河流泛溢层,没有大面积连续性的湖相沉积层发现。全新世以来,湖区地貌形态继承上更新世河网平原景观的特点,因此为湖区的生产活动提供了广阔的历史舞台。
在西汉后期，九江水系已“皆东合为大江”，原先九江水系所潴汇的江北彭蠡泽已和九江主泓道分离，面积日渐萎缩，蓄洪能力显著下降，长江洪水过程随之增大的结果，湖口断陷的古赣江即在这种水文条件下逐步扩展成较大水城。其时《禹贡》彭蠡泽当已面目全非、无可认指，所以在《汉书·地理志》里，班固遂认指豫章郡彭泽县西的湖口断陷水域为“禹贡彭蠡泽”。 六朝隋唐时代鄱阳湖的范围仍然局限在鄱阳北湖地区，今日鄱阳南湖在当时尚未形成。当时这个彭蠡泽的水文特征，应当是洪、枯水位变率大，属洪水一大片,枯水一条线的吞吐型湖泊。
自古演变而来
1.
六朝隋唐时代鄱阳湖的范围仍然局限在鄱阳北湖地区，今日鄱阳南湖在当时尚未形成。当时这个彭蠡泽的水文特征，应当是洪、枯水位变率大，属洪水一大片,枯水一条线的吞吐型湖泊。
根据《太平寰宇记》并参照《舆地纪胜》的记载，宋代鄱阳南湖的范围大致如下：鄱阳山即今波阳县西北鄱阳湖中的长山（又名强山），宋代已处在湖中的事实证明，当时鄱阳南湖的北界与今大体相同。鄱阳湖的东界，在今莲荷山与波阳县城之间,宋代鄱阳南湖的西端在松门山，从它“北临彭蠡湖”的形势分析，山南一带平原在当时尚未沦湖。因此,湖区西南界当在松门山东端至瑞洪镇一线上。
2.
据气象学家、地理学家、教育家竺可桢先生研究，隋唐五代至北宋时期，我国气候变得和暖。这时长江中下游的湖泊都有显著的发展扩大地处长江中下游之间的鄱阳湖地区，在隋唐以后湖泊迅速扩展。在高温多雨的隋唐北宋时期，长江径流量相应增大，尤其是洪水季节。
但是原先可以充分调蓄洪水的江汉平原地区的云梦泽，在隋唐时代已经基本消失，江北的彭蠡古泽，也早被陂池大小的雷池所取代，长江流域蓄洪能力显著下降的结果，长江干流径流量急增，水位上升，除了部分分洪洞庭之外，大部分倾泻东下。它在湖口一带又造成两种结果：一是分洪倒灌入彭蠡泽；二是顶托彭蠡泽出水。
3.
这两种结果的结合，也是造成彭蠡泽扩展的重要因素。因此，在唐末五代至北宋初期,，彭蠡泽空前迅速的越过婴子口向东南方的枭阳平原扩展，大体上奠定了今天鄱阳湖的范围和形态。当时湖面远比今日为广，湖水南抵南昌樵舍附近。
以致赣江下游平原上的枭阳、海昏两县分别于公元420年、425年沦入湖中，而其近邻地势较高的吴城却取而代之逐渐繁华起来，故民间有“沉海昏，起吴城”之说。
4.
明清时期,鄱阳湖演变的最大特点是：汊湖的形成和扩展,特别是鄱阳湖的南部地区，尤为显著。在进贤县北境,宋时仅有族亭湖和日月湖两个湖泊见于记载。后经元明两代，随着鄱阳湖地区的继续沉降，族亭湖被鄱阳湖吞并，进贤北境的北山成为鄱阳湖的最南端。与此同时，日月湖泄入鄱阳湖的水道也扩展成鄱阳湖南部条带状的汊湖－军山湖，遂使军山、日月两湖成为进贤境内最大的湖泊。至明末清初,原来流经进贤西北的清溪、南阳、洞阳三水的中下游地带,也因沉溺而扩展成仅次军山湖的大汊湖—青岚湖（或称清南湖、洞阳湖），最终逐渐演化为今日的湖泊水域。
20世纪八十年代前的不断围垦,，使湖岸逐渐向湖心发展 , 湖泊内主航道时冲时淤,，变化频繁。鄱阳湖及五河尾闾水位逐年抬高趋势明显，调蓄能力减小 ， 河道的泄洪能力降低。在 1998年大洪水后， 湖区开展了大范围的 “双退” 和 “单退” 工程, 使湖区在汛期的蓄水面积扩大到接近二十世纪五十年代的水平。